พิธีการจับสลากสำหรับรอบรองชนะเลิศจะมีขึ้นในวันพฤหัสบดีที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2559 และสืบเนื่องจากวันที่ 14 และ 17 ตุลาคม 2559 ตามที่ได้มีคำสั่งจากสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยได้ถือว่าทั้งสี่ทีมที่อยู่ในรอบรองชนะเลิศครองแชมป์ร่วมกัน โดย ชลบุรี เอฟซี ขอสละสิทธิ์ในการจับสลากไป เอเอฟซี แชมเปียนส์ ลีก ต่อไป [6]

1. ราชบุรี มิตรผล (ครองแชมป์ร่วมกัน)
2. สุโขทัย เอฟซี (ครองแชมป์ร่วมกัน)
3. ชลบุรี เอฟซี (ครองแชมป์ร่วมกัน ; ชลบุรี เอฟซี ขอสละสิทธิ์ในการจับสลากไป เอเอฟซี แชมเปียนส์ ลีก 2017)
4. ชัยนาท ฮอร์นบิล (ครองแชมป์ร่วมกัน)